Группа была основана в 1992 году. В её состав вошли четыре музыканта: солистка Балка (тур. Balja), рэпперы и авторы Стив (англ. Steve, Род Ди (англ. Rod D.) и Смут Ти (англ. Smooth T.). Первым синглом группы стал "Fun Factory's Theme", который вышел в том же году.
В 1993 году появляется клип на песню "Groove Me". После выхода этого клипа группу покидает солистка Балка и на её замену появляется Мари-Анет Мей (фр. Marie-Anett Mey). Но, несмотря на приход в группу новой солистки, на первом компакт-диске «NonStop! The Album», выпущенном 24 апреля 1994 года, практически во всех песнях присутствовал вокал Балки. Её же вокал был и в первом полноценном альбоме Fun Factory "Close To You", вышедшем 2 мая 1995 года. В данный альбом вошли многие песни из их первого CD, включая несколько хитов, таких как "Close To You", "Take Your Chance", "I Wanna B With U" , "Pain".
23 января 1996 года группа выпустила свой второй альбом — «Fun-Tastic», куда кроме новых песен — "Celebration", "I Love You" вошли ремиксы некоторых хитов из предыдущих альбомов. К этому времени популярность группы в Европе выросла, и даже в чартах США и Канады можно было увидеть их песни. В 1996 году группу покидает Смут Ти, который начал работу над другими проектами. В 1997 году вышел компакт-диск «All Their Best», состоящий только из лучших песен коллектива. Вскоре после выпуска этого альбома группа была расформирована.
Два бывших участника Fun Factory — Мари-Анет и Стив — начали проект Fun Affairs, где солистом стал Рэй Хортон (англ. Ray Horton), но успех вновь образованной группы был довольно скромным.
В 1998 году была сформирована новая Fun Factory, с полностью обновлённым составом участников. Первый сингл группы — "Party With Fun Factory" — вышел 24 августа того же года, со специальным релизом на японском языке. Первый альбом группы — «Next Generation» — вышел 19 июля 1999 года, и продался тиражом свыше 100 000 копий. Музыкальная стилистика этого альбома отличалась от стилистики альбомов Fun Factory первого состава; здесь было больше рэпа, регги и поп-музыки. Некоторые песни с этого альбома, ставшие довольно популярными: "Sha-la-la-la-la", "Party With Fun Factory" , "Fun Factory's Millennium Theme".
Для Fun Factory новой движущей силой и вдохновителем стал выходец из Лихтенштейна, Эл Вальзер (англ. Al Walser). С помощью его творческой энергии коллектив обеспечил себе весьма широкую популярность в некоторых регионах планеты (например, в Азии). 21 августа 2002 года вышел «ABC of Music» — второй и последний альбом обновлённой группы. Этот альбом имел небольшой успех, и группа в 2003 году прекратила свою деятельность.